時代に乗り遅れた感(?)はあるがいまさらながら TortoiseSVN1.5.0 を入れた。id:nekotank:20080327で紹介した注釈機能が TortoiseSVN1.5.0 で使えなくなっているとのコメントをいただき対応。
v1.4.x までは
HKEY_CURRENT_USER\Software\TortoiseMerge : LogFontNameだったのが、v1.5.0 からは参照先が
HKEY_CURRENT_USER\Software\TortoiseSVN : BlameFontName
に変更になっていました。BlameFontName という値は Registory に存在していないので、デフォルトの "Courier New" が常に使われる事になっていたのです。
雷蔵さんコメントありがとうございました!